林耕仁選舉期間遭檢舉人爆料，不但陽明交大碩論60%抄襲政府報告，中華大學碩論也涉嫌抄襲另名研究生論文，不過中華大學先前已公布審議結果，認定該論文撰寫過程抄襲行為不成立，但有學術瑕疵；而陽明交大學倫單位審查後，認定成立抄襲與未適當引註，今天（28日）確定被撤銷學位。
陽明交大學倫單位經審查後，認定林耕仁的碩士論文涉及抄襲和未適當引註，經委員會審議後，確定撤銷其碩士論文學位，除已告知當事人與檢舉人，也向林耕仁說明可提出救濟申請。
陽明交大回應，林耕仁學術倫理案的學生學術倫理審議委員會審議程序終了，已依規定通知被檢舉人、檢舉人及相關單位，並向林耕仁說明救濟程序事項。在救濟程序尚未終了前，不便說明與回應。
林耕仁今天傍晚也在臉書發文向社會大眾致歉。林耕仁說，選舉期間他的論文被質疑時，他立刻自送陽明交通大學學倫會調查，並出席審查會親自說明。學倫會委員對於論文內容以及寫作方法該如何正確引注，也提出許多問題及指導，讓他學習甚多，也深刻明白過去求學期間，對於恪守學術倫理與規範並不完全了解，也於此事後對於學海無涯的道理有深刻體認，自己仍有許多改進與檢討的空間。
林耕仁表示，當初進入陽明交通大學就讀管理學程碩士班，是基於對新竹這座城市的熱愛，希望以身為市議員的角度出發，針對交通、治安、觀光等市政觀察、市民陳情、協助處理的各類選民服務情境等節作為基礎，透過文獻搜集與探討方式，以管理專業所延伸的學理加以論證剖析，初衷是希望針對市民關切的議題找出可精進的市政方向。
然而，撰寫論文期間，由於學術規範上認知的不足，在引述資料過程中，未完整標記出處來源，學倫會因而認定有瑕疵、漏引等學術缺失。作為論文的作者即便個人沒有抄襲的主觀動機，也必須要為客觀上的學術缺漏負起完全的責任。
不管是中華大學論文，又或者陽明交通大學論文，他始終的立場都是尊重也接受校方學倫會的所有決定，也必須要為自身在論文的內容負起全部的責任。
林耕仁也說，感謝學倫會委員的指正與建議，學習之路本就無止盡。本人對於當初撰寫碩士論文的認知本是有引述來源就好，但學術領域無法便宜行事，他的認知跟該有的標準還是有落差，其實應用最嚴謹的標準要求自我。
經此結果，也深知自己在學術領域並非專業，校方用高標準檢視論文及審查，他完全尊重且全然接受。在此也要特別感謝過去給本人指導的師長、教授，讓我有進修學習的機會，此次論文撤銷結果，所有的責任都在自己身上，老師都是兢兢業業的教學，是他個人的疏失和疏漏與指導師長均無關。
林耕仁最後再次向校方、師長、同學、校友以及社會大眾道歉。「我認為既然錯了就要承認及道歉，不逃避、不狡辯，我坦然接受校方的判定」，林耕仁強調，經此教訓，未來也會懇切繼續在學習的道路上努力，充實自我、提升能力，不管在何處都還是要有為新竹市服務的初衷。
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