民進黨立院黨團立委林靜儀、林楚茵及新竹市議員劉康彥今天（5日）召開記者會（5）日爆料，指出林耕仁在2011年取得陽明交通大學經營管理碩士，碩論《新竹市現況分析及未來發展建議－以治安、交通觀光為例》，整本54頁扣掉4頁參考文獻後，50頁主文有31頁抄襲、剽竊新竹市政府及中央部會的研究報告，複製貼上比例達60%，規模之大、手法之粗糙，令人瞠目結舌。
林耕仁對此也反擊，繼國民黨基隆市長候選人謝國樑、桃園市長候選人張善政被潑髒水後，現在又對他交通大學管理碩士論文發動攻擊，很明顯又是民進黨的慣用套路，透過潑髒水來轉移焦點、進行人格毀滅，並轉移民進黨台北市長候選人陳時中偷窺廣告的焦點，及拯救民進黨新竹市長候選人沈慧虹低迷的選情。
林耕仁說明，當時他因歸納辦公室2008至2010年的陳情案件，發現交通方面最多、治安方面問題次之，為進一步瞭解新竹市民關心的議題情況，在進入交通大學之後，即以「新竹市現況分析及未來發展建議─以治安、交通及觀光為例」作為論文題目，進行文獻研究。
林耕仁說，他的論文是針對新竹市的治安、交通及觀光的現況分析，提供未來發展的建議，因此在文獻探討的部分針對政府資料進行分析，這都是他研究流程，引用的資料都是政府的公開資訊，而且都有註明出處，並非抄襲，至於論文有6處疏漏引註，是他的失誤，感謝民進黨的提醒，「我也會虛心檢討」。
林耕仁強調，他的論文也許寫得不好，但面對民進黨潑髒水、毀人格的不實指控，「我不會屈服」，今天下午他也主動備妥相關文件資料，前往陽明交通大學學術倫理與研究誠信辦公室遞交，未來也一定會全程出席說明，全力捍衛自己的清白。
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