薛瑞元今出席藥品實施GMP 40週年暨PIC/S入會10週年論壇時，接受媒體聯訪，針對近期的清冠一號公費資格調整爭議，薛瑞元說，清冠一號公費資格限縮是陳時中下的指導棋一事，「都是外界在編故事」，公費資格調整的整個過程中，中醫界有相當多意見回饋，經過開會討論後，決定採取中醫界看法進行調整，「跟陳前部長一點關係都沒有」，近期也沒有跟陳時中討論過疫情。
至於柯文哲爆料說，原本政府為了護航高端疫苗，擋BNT疫苗進來，一直到證嚴法師翻臉才放行，薛瑞元淡定表示，「這個也是自己在想像的」，BNT疫苗採購相關事宜，陳時中在任時也曾經說明得很清楚，指揮中心也說明的很清楚，本來政府是直接跟BNT接洽，準備直接購買，但到最後一刻，因為「某種因素」，變成BNT不願意跟台灣簽約。
薛瑞元接著說明，接下來包括鴻海、台積電、慈濟等，願意以民間捐贈的方式來進行購買，但BNT是緊急授權的疫苗，很多事情需要政府出來做保證，包括說疫苗救濟等，協助採購的單位才能免責，因此政府在當時也是充分的跟這3家民間的團體跟企業合作，來跟BNT與上海復星來談。
薛瑞元強調，在各方合作下，最後才能夠談成採購，從來政府沒有去阻擋過，而且是一方面大家一起合作來協助，在最短時間之內，讓BNT疫苗能進到台灣來讓民眾可以打。
