指揮中心指揮官王必勝曾於3月初提到，指揮中心3大工作包括口罩第二階段解封、輕症確診者免隔離、免通報，以及醫療院所在防疫上的調整，如專責病房退場與院內感染管控措施調整，3大部分都完成後，就可以考慮進行傳染病的改類，由原先的第五類調降為第四類，指揮中心解編或降級開設也會陸續進行，且「原先設定在5月，是不是有可能再提早一點，當然也是有可能」。
目前輕症確診者免隔離、免通報等措施已陸續實施，指揮中心降級、解編是否也將提上日程，薛瑞元今表示，相關權責在行政院，不過已經有在盤點後續若降級、解編，有哪些限行措施需要持續處置，衛福部與指揮中心也會將建議提交行政院並進行報告，由行政院規劃時程。
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